La Legge Regionale n. 30 del 2009, all'art. 13,  tratta la  Carta dei Servizi, forse il più importante tra gli strumenti di disciplina e programmazione delle attività di ARPAT.

La carta individua in modo puntuale le attività dell'Agenzia, i livelli minimi di tali attività da garantire sul territorio regionale, il soggetto beneficiario, il costo, i tempi di erogazione ove pertinenti.

Nella Carta dei Servizi le attività vengono distinte in due categorie:

• attività istituzionali obbligatorie (IO): attività a cui ARPAT è tenuta - con livelli quantitativi espressamente indicati - per effetto di specifiche disposizioni normative, nazionali e/o regionali. Queste attività sono finanziate attraverso il contributo complessivo annuale stanziato dalla Regione Toscana a favore di ARPAT;
• attività istituzionali non obbligatorie (INO) - attività che ARPAT svolge su richiesta della Regione o degli altri Enti a fronte di uno specifico finanziamento da parte dell'ente richiedente. L'esecuzione di queste attività deve avvenire senza pregiudizio delle attività obbligatorie;

 Alla Carta dei Servizi si affiancano quali ulteriori strumenti di programmazione gli Indirizzi regionali, il Piano di attività  e il Piano della qualità della prestazione organizzativa.